A Skydio Autonomy Engine, avagy az R1-et mozgató szoftver, nyílt verziója elérhetővé válik bárkinek, aki megveszi a drónt. Segítségével egyedi módon lehet majd beállítani, hogy pontosan miként is repüljön a kis quadcopter, de nem kell aggódni, nincs teljesen a fantáziánkra bízva a dolog, továbbra is megtalálhatók a gyárilag beállított repülési lehetőségek.
Ezek a már ismert Dronie, Boomerang, Vortex és Rocket módok. Az R1 ezen módok közben képes "Waypoint"-okat, vagyis állomásokat generálni, továbbá a teljes körű akadályészlelő rendszere elkerüli a (drónra nézve) halálos koccanásokat. Ha pedig biztosra szeretnénk menni, akkor repülési pályánkat egy beépített szimulátor-programban tökéletesíthetjük, melyben a drón 3D-s felvételei is segíthet bennünket, mielőtt nekiállnánk letarolni a fél kertet.